Quoique l'Institut Perimeter planifiait être axé sur les chercheurs-résidents plutôt que sur les programmes particuliers, il était tout de même prévu que des ateliers, conférences, stages d'été et autres activités de la sorte représenteraient une excellente occasion d'interaction avec la communauté scientifique internationale, permettant d'exposer nos chercheurs-résidents à d'intéressants développements dans des domaines connexes. Dans ce but, l'Institut devrait offrir un important groupe de programmes scientifiques à longueur d'année. De nouvelles installations, déjà à l'étude, offriraient un amphithéâtre de 250 places, des salles de séminaire et des espaces de collaboration dans le but de favoriser particulièrement ces activités.

La structure de l'Institut exigeait également d'importantes délibérations. Tel que mentionné précédemment, nous voulions assurer que l'Institut fonctionne avec une hiérarchie la plus uniforme que possible tout en demeurant efficace, et par conséquent, développer une culture de vraie communauté d'universitaires. En reconnaissance du fait historique que plusieurs découvertes fondamentales en physique théorique proviennent de jeunes chercheurs, l'Institut Perimeter décida de se doter d'une orientation jeunesse et ainsi offrir à ses boursiers de recherches post-doctorales un maximum de liberté et de possibilités en matière de recherches. Son groupe d'enseignants principaux se composerait alors d'un regroupement de scientifiques chevronnés et plus jeunes offrant une excellence de recherches reconnue, du leadership et une expérience de mentorat jumelés à une prodigieuse activité scientifique de pointe. Le Comité consultatif scientifique – devant compter des chercheurs mondialement reconnus – serait un corps intégré de surveillance, créé dans le seul but d'aider le conseil d'administration et le directeur général à assurer l'objectivité et un standard de haute qualité en matière d'excellence scientifique.

En établissant l'Institut Perimeter, la création d'un centre de recherche de haut calibre mondial n'était pas l'unique motivation des fondateurs, ils étaient également déterminés à grandement affecter la culture existante grâce à la mise en valeur de l'importance et l'impact de la recherche scientifique. Par conséquent, un programme complet d'activités de sensibilisation éducative de portée nationale et, ultérieurement, internationale,  serait donc créé. Des programmes particuliers seraient conçus pour s'adresser aux étudiants, enseignants et grand public, traitant de sujets adaptés aux leçons en salles de cours, ateliers personnalisés, stages d'été sur place, séries de conférences à longueur d'année, festivals spéciaux et autres.
Un mélange intégral de programmes musicaux et d'événements culturels viendrait s'ajouter aux mandats de recherche de qualité supérieure et de sensibilisation éducative. L'Institut Perimeter s'efforcerait d'être une installation à la fois accueillante et dynamique dans les sens le plus large possible – un environnement stimulant pour la réflexion des scientifiques de pointe, et accueillant pour l'ensemble de la communauté.

La portée et le niveau des activités ainsi établis, l'Institut Perimeter pour la physique théorique fut officiellement créé le 23 octobre 2000 grâce à un engagement personnel de 100 M$ de Mike Lazaridis et de 20 M$ supplémentaires (10 M$ chacun) de ses confrères associés de RIM, Doug Fregin et Jim Balsillie. La Ville de Waterloo offrit un terrain primé situé dans la Haute-Ville de Waterloo en prévision de la construction du nouvel édifice de l'Institut. Un éminent Comité consultatif scientifique (CCS) international composé de huit membres fut établi vers la fin de l'an 2000, et se réunit pour la première fois, à Waterloo, au printemps 2001. Un groupe de 9 scientifiques mondialement reconnus entreprit les activités de recherche en octobre 2001 dans des installations temporaires, et le nombre de chercheurs atteint 24 dans à peine plus qu'un an.

Depuis l'automne 2001, l'Institut offre une série de séminaires scientifiques extrêmement diversifiée, accueilli plus de 600 visiteurs internationaux, élaboré diverses conférences scientifiques de haut niveau, nommé 52 membres affiliés provenant de partout au Canada, et instancié et développé un ensemble complet de programmes de sensibilisation éducative.

En janvier 2002, la Fondation canadienne pour l'innovation a consenti une subvention d'infrastructure de 5,6 M$ à l'Institut Perimeter pour ces nouvelles installations, suivi ultérieurement d'une somme équivalente versée par le Fonds ontarien pour l'innovation. Le 14 juin 2002, à Waterloo, le premier ministre, M. Jean Chrétien, annonça une contribution directe de 25 M$ versée sur cinq ans par le CRSNG dans le but de soutenir le mandat de recherche unique de l'Institut Perimeter. Dans son budget de juin 2002, le gouvernement d'Ontario s'engagea à verser 15 M$ supplémentaires à titre de soutien direct, venant s'ajouter aux 5,95 M$ antérieurement versés conjointement à l'Institut Perimeter et l'Institut d'informatique quantique de l'Université de Waterloo par le Fonds ontarien d'encouragement à la recherche-développement. Dès lors, l'Institut avait reçu plus de 54 M$ en fonds publics, illustrant ainsi la volonté gouvernementale de contribuer à la réussite de l'Institut Perimeter. Plus récemment, en mars 2006, le ministère de la Recherche et de l’Innovation a renouvelé l'engagement du gouvernement de l'Ontario envers l'Institut Perimeter en versant 50 M$ supplémentaires et un autre 50 M$ à l'Institut d'informatique quantique.

En octobre 2004, l'Institut a aménagé dans ces nouveaux locaux, conçus par la société Saucier + Perrotte Architectes de Montréal. Le centre de recherches primé fut conçu expressément dans le but de faciliter les activités de recherche et de sensibilisation grâce au soutien de scientifiques-résidents et de centaines de visiteurs internationaux annuels à l'aide de divers espaces imaginatifs dotés de tableaux, dans lesquels réfléchir et effectuer le calcul de passionnantes nouvelles idées sur la nature ultime de l'espace, le temps et la matière.

Grâce à un leadership exceptionnel, au soutien passionné de philanthropes reconnus et des gouvernements de l'Ontario et du Canada, l'Institut Perimeter pour la physique théorique représente un exemple innovateur et réussi du partenariat privé-public en matière de recherche et éducation scientifiques.